소화기 센터에서는 식도, 위장, 대장질환과 간질환, 췌장 및 담도질환 등 각종 소화기 질환에 대해 분야별로 진단 및 치료를 담당하고 있으며, 새로운 치료법 개발과 연구, 교육을 담당하고 있다. 식도, 위장, 소장 및 대장질환의 진단을 위한 일반적인 내시경 검사뿐만 아니라, 조기 위암 및 대장 용종 등 각종 위장관 질환에 대한 내시경 치료를 시행한다.
췌장 및 담도 분야에서는 내시경을 이용한 담도/췌관 조영술과 초음파내시경을 이용한 진단 및 내시 경적 유두 괄약근절개술, 췌관 괄약근절개술, 담관계 결석 제거술, 췌석 제거술, 담관 및 췌관 배액술, 스 텐트 삽입, 체외충격파쇄석술, 전기수압쇄석술 등과 같은 다양한 시술을 통하여 각종 췌장/담도질환의 치료를 시행하고 있다.